锋巴蒂斯图塔的加盟，为佛罗伦萨在90年代打造成为意甲其中一支劲旅，曾经两度（1995/96，2000/01）夺得意大利杯冠军，而巴蒂斯图塔亦一度成为佛罗伦萨的象征。

由于受制于球会规模，球队缺乏足够财力增强兵源，及后巴蒂斯图塔离队亦大大削弱了球队实力，再加上2001年出现财政问题，无法支付薪水之外更负债高达5千万美元，当时会长高里（Vittoriocecchigori）没有考虑球会的财政状况，反而大力收购球员。

2001/2002年球季名列联赛尾二而降落乙组，同年7月因为无法交出参加意乙的4000万美元保证金，8月1日会方正式宣布球会破产，但意大利足协念在佛罗伦萨在意大利球坛上占有重要地位，故此特许参加丙二组联赛，而且得到国内名牌鞋业生产商德拉瓦莱（DiegoDellaValle）的帮助组成一支新球队?FlorentiaViola。

佛罗伦萨在丙二组联赛表现出色，以20胜10平和4负轻松夺取冠军升上丙一组联赛。2003年夏天，会长德拉瓦莱以250万欧元买回“Fiorentina”这个名称，并恢复佛罗伦萨的身份参加比赛。

与此同时，意大利足总将2003/2004年球季乙组联赛扩展至24支球队，故此保留上季联赛原本降落的卡塔尼亚（calciocatania）、热那亚（genoacricket&Footballclub）、萨勒尼塔纳（salernitanacalcio1919）及科森察（cosenza），其后因为后者出现财政紧绌，最后足总选择由佛罗伦萨取代位置参加乙组联赛。

佛罗伦萨经过努力下得到联赛第六名，需与甲组第十五名的佩鲁贾争夺参加来季甲组联赛资格，佛罗伦萨首回合以1比0击败对手，随之次回合力挽狂栏之下与对手1比1打成平手，最终总比数以2比1的成绩再次出席阔别2年